El protagonismo político y social del movimiento indígena como paradigma de los nuevos movimientos sociales que se reproducían por otras áreas del planeta, les llevó incluso al acceso al poder en el año 2003 y a su correspondiente contradicción consecuencia de la crisis de legitimidad del sistema político ecuatoriano. Lo indicado con anterioridad generó la pérdida de centralidad política del movimiento indígena e impacto a lo interno de la organización, provocando una crisis en el movimiento de la cual aun se está en fase de superación.
